Nanninga was sinds 1987 redacteur van het kleine maar invloedrijke tijdschrift Skepter, het populair-wetenschappelijke tijdschrift van de Stichting Skepsis waarin allerlei buitengewone claims, omstreden theorieën en onorthodoxe methoden kritisch onder de loep worden genomen. De afgelopen tien jaar was Nanninga hoofdredacteur, en verzorgde ook de opmaak en website van het tijdschrift. Als persoon trad hij niet graag in de publiciteit en hij zal daarom vooral herinnerd worden in zijn werk.
Vanaf de Groningse Westerkade nam Nanninga iedereen op de korrel die claims maakte die in zijn ogen ‘dubieuze kennispretenties’ had, zoals Jomanda, Rasta Rostelli, homeopaten en astrologen. Nanninga schreef zo’n 250 artikelen over allerhande zaken, waarbij hij probeerde de waarheid bloot te leggen.
Jan Willem Nienhuys: “Nanninga was opgeleid als leraar Engels en Nederlands. Hij heeft enige tijd les gegeven aan mavo-leerlingen in een gebied waar – naar zijn zeggen – iedereen na school werkeloos raakte. Hij kwam er al snel achter dat het lesgeven aan opstandige pubers niets voor hem was. Hij kon dagenlang in een stoel met boeken iets uitzoeken en daarover schrijven. Hij heeft bijvoorbeeld alle afleveringen van het KRO-programma Het Zesde Zintuig minutieus bekeken om er achter te komen op welke manier de kijkers werden opgelicht. In 1987 werkte hij aan een boek Parariteiten. Door dit boek – gepubliceerd in 1988 – raakte hij betrokken bij onze stichting.”
Skepsis
In 2005 viel de stichting Skepsis de RTL-televisieshow Er Is Zoveel Meer aan, die werkte met het medium Robbert van den Broeke. Van den Broeke claimde te kunnen vertellen op bovennatuurlijke wijze te beschikken over kennis van vorige levens van mensen. Nanninga toonde aan dat de bewuste kennis van een genealogiesite werd gehaald. Van den Broeke citeerde websites – inclusief schrijffouten – en de televisieshow werd van het scherm gehaald.
Ook speelde de stichting een rol in het vervolgen van de alternatieve genezers die Sylvia Millecam ten onrechte vertelden dat ze geen borstkanker had, waarna Millecam zich niet liet behandelen en daardoor overleed. De twee genezers werden door de rechter veroordeeld.
Skepter
Het tijdschrift Skepter werd in 1988 opgericht en wordt uitgegeven door de Stichting Skepsis. Het blad verschijnt momenteel twee keer per jaar in een oplage van 2900 exemplaren. Ruim 2300 exemplaren worden verstuurd naar donateurs en abonnees.