SKEPP stelt zich tot doel para- en pseudowetenschap te onderzoeken. Er moet dan ook een duidelijk onderscheid gemaakt worden tussen enerzijds beoefenaars van een wetenschappelijk onderbouwd beroep die fouten maken tegen de regels van hun beroep en anderzijds de beoefenaars van een kwakzalverij waarbij het systeem zelf onwetenschappelijk is. Een normale arts die fouten maakt of kwakzalver wordt, mag als individu aangepakt worden, maar zijn handelen brengt het systeem van de wetenschappelijke geneeskunde niet in opspraak, omdat hij zelf de regels van het systeem overtreedt. Daarentegen zal een homeopaat die volledig correct handelt volgens de regels van de homeopathie toch een kwakzalver zijn, omdat het systeem zelf kwakzalverij is. Het is inderdaad zo dat de mechanismen voor kwaliteitsverbetering en controle binnen het medisch beroep niet steeds optimaal zijn, maar ook dat valt niet onder de noemer pseudowetenschap en brengt het streven naar evidence based medicine niet in opspraak. SKEPP krijgt soms het verwijt dat onze artikels zich steeds eenzijdig richten op de zogenaamde alternatieve behandelingen en dat we niet kritisch zijn tegenover de reguliere geneeskunde. Er zijn nog steeds domeinen van de reguliere geneeskunde waar gefundeerde kritiek op kan gegeven worden, iets wat we trouwens dagelijks in de medische tijdschriften kunnen terugvinden, want het is inherent aan de wetenschappelijke geneeskunde dat ze steeds kritisch blijft en het eigen handelen in vraag durft stellen. Vergissen is menselijk. Waar mensen werken, zullen er altijd fouten gemaakt worden. Het is pas als mensen bewust en systematisch verkeerde behandelingen blijven toepassen, met name behandelingen waarvan de werking niet bewezen is of waarvan zelfs de onwerkzaamheid bewezen is, dat we mogen spreken van pseudo-wetenschap of kwakzalverij.