SKEPP is opgericht in 1990 door een aantal mensen uit nogal diverse wetenchappelijke disciplines, beroepen en overtuigingen. Onder de stichters waren er bijvoorbeeld professoren uit Brussel, Gent en Leuven, maar ook niet-academici en mensen die vanuit hun belangstelling in hun vrije tijd tot de doelstellingen van SKEPP gekomen waren.

Een rechtstreekse voorloper van SKEPP was de werkgroep Prometheus, die in 1976 was opgericht binnen de Vereniging Voor Sterrenkunde. Die bestudeerde pseudo-wetenschappen die verband hielden met sterrenkunde (astrologie, ufologie), maar naderhand ook andere onderwerpen, zoals het paranormale en creationisme. De werkgroep Prometheus heeft eind jaren '80 contact gezocht met mensen uit andere disciplines die soortgelijke belangstelling hadden, zoals filosofen, artsen en psychologen. Daaruit is dan SKEPP ontstaan.

Tot de oprichters van SKEPP behoren ook enkele "kritische parapsychologen" - dat zijn mensen die het paranormale bestudeerden en skeptische standpunten zijn gaan innemen - en ook leidende figuren van de Vereniging ter Bescherming van Persoon en Gezin (een vereniging die sekten in het oog houdt).

De oprichting van soortgelijke verenigingen elders in de wereld, met CSICOP in de Verenigde Staten als lichtend voorbeeld, was voor ons een aanmoediging om zelf een vereniging te starten, maar de oprichting van SKEPP is er volledig op initiatief van de eigenlijke stichters gekomen, zonder verzoek uit het buitenland. SKEPP staat vanaf de oprichting los van elke beweging of organisatie. We ontvangen alleen geld van de eigen leden. Er zijn wel goede contacten met de skeptische zusterorganisaties.